Chùa Kỳ Viên Trung Nghĩa nguyên là Miếu Thờ các vị Công Thần nhà Nguyễn, có tên là Miếu Tinh Trung sau đổi là Sinh Trung (Xứ Trầm Hương, Quách Tấn). Miếu này được xây dựng năm 1802 dưới triều Gia Long. Năm 1852, dưới thời triều Nguyễn, Miếu này được trùng tu và đổi tên là Trung Nghĩa Miếu. Mãi cho đến năm 1948 – 1950 Đức Bà Từ Cung (mẹ vua Bảo Đại) kinh lý vào đất Khánh Hòa, đến Nha Trang lên miếu nầy thấy phong cảnh thích hợp cho một ngôi chùa nên Đức Bà Từ Cung vận động Ban Khánh Tiết, các cụ Hào Lão làng Vạn Thạnh vận động hiến cúng cho Giáo hội Phật giáo Tỉnh Khánh Hòa làm nơi thờ Phật.
Sau khi Ban Khánh Tiết và các cụ Hào Lão đồng ý hiến cúng Miếu Trung Nghĩa cho Giáo hội Phật giáo tỉnh Khánh Hòa, lúc bấy giờ Giáo hội đã đặc cử một Ban Đại Diện và lấy tên là Khuôn hội Phật giáo thôn III Kỳ Viên.
Qua thời gian tu chỉnh Miếu thờ các vị Công Thần Triều Nguyễn thành chùa thờ Phật, Giáo hội Phật giáo Tỉnh Khánh Hòa và Quý Phật tử Khuôn hội Kỳ Viên đã cung thỉnh Hòa Thượng Thích Thiện Minh giữ chức Trụ Trì. Khi nhận trách nhiệm Trụ Trì, Hòa Thượng đặt lại tên: Linh Sơn Kỳ Viên Khuôn hội.
Vì công tác Giáo hội giao nên Hòa Thượng giao lại cho Hòa Thượng Thích Từ Mãn. Qua thời gian nhận trách nhiệm trụ trì nhưng vì nhận công tác Phật sự tại Đà Lạt, Hòa Thượng Thích Từ Mãn đã giao lại cho Hòa Thượng Thích Trí Tín. Sau Hòa Thượng Thích Trí Tín là Thượng Tọa Thích Viên Mãn giám tự.
Đất nước thống nhất, năm 1977 Thượng Tọa Thích Trí Viên nhận Trụ Trì Ngôi Tam Bảo này do Viện Phật học Cao Đẳng Chuyên khoa Hải Đức đề cử, Ban Đại Diện Tỉnh hội Phật giáo Khánh Hòa bổ nhiệm.
Nhận công tác Giáo hội đã giao, năm 1986 Thượng Tọa Thích Trí Viên bắt đầu tu sửa những công trình phụ. Đến năm 1990, Thượng Tọa Trụ Trì hợp Ban Hộ Tự, Ban Nghi Lễ và nam nữ Phật tử tại chùa lo Phật sự Đại trùng tu Chánh Điện, Hậu Tổ và những công việc cần thiết.
Nhờ Tam Bảo gia hộ, chư Tôn đức Tăng Ni trợ niệm, nam nữ Phật tử phát tâm cúng dường, sau hơn 10 tháng ngôi Chánh Điện, Hậu Tổ… đã hoàn tất. Đến ngày 19 tháng 2 năm 1992, Đại lễ Khánh thành được tổ chức và chùa được đổi tên là KỲ VIÊN TRUNG NGHĨA TỰ.
Năm 1993, Giới tử của Đại Giới Đàn Trí Thủ Long Sơn quy tụ nơi đây. Năm 1995, xây dựng nơi thờ Hòa Thượng Thích Thiện Minh, vị trụ trì đầu tiên và giảng đường để có nơi Tăng chúng học và Phật tử sinh hoạt.
Năm 1996, tu sửa lại tượng đài Quan Thế Âm lộ thiên. Năm 1997, xây dựng tượng Đức Di Lặc lộ thiên và bậc cấp. Năm 2000, tu sửa cổng Tam Quan. Năm 2002, tu sửa gác Đại Hồng Chung. Năm 2004, xây dựng tượng Đức Văn Thù Bồ Tát lộ thiên.
Phật lịch 2549, Ất Dậu 2005
Xin trân trọng giới thiệu loạt ảnh chùa Kỳ Viên Trung Nghĩa năm 2010
Hình ảnh: Giang Phong
Còn Bao Nhiêu Ngày Nữa...?
Các Ngày Lễ Trong Năm Theo Dương Lịch
Các Ngày Lễ Trong Năm Theo Âm Lịch